Лиричная волшебница Наноха

История рассказывает о Нанохе Такамачи, 9-летней младшекласснице, живущей вместе со своими родителями, старшими братом и сестрой. Обычная повседневная жизнь Нанохи заканчивается, когда она спасает раненного говорящего горностая, который оказывается магом по имени Юно Скрая.

Юно, археолог из параллельной вселенной, прибыл на Землю, чтобы собрать двадцать одно «Драгоценное Семя» (англ. «Jewel Seeds»), которые являются древними и опасными артефактами, впервые обнаруженные им ещё в своём мире. Драгоценные Семена дают живим существам, контактирующим с ними, сверхъестественные силы, часто превращая их в монстров. И теперь Юно, раненный одним из таких монстров, должен положиться в этом деле на Наноху, выздоравливая тем временем в форме горностая. Он даёт ей «Интеллектуальное устройство» (англ. «Intelligent Device») - волшебную палочку по имени «Raising Heart» (досл. «Восходящее Сердце»), и Наноха, неожиданно для них обоих, показывает высокую способность к магии.

И так, двое начинают сражаться с монстрами и собирать Драгоценные Семена, не подозревая, что они не единственные, кто охотится за Семенами…